Ovaj bafer se koristi za separaciju DNK elektroforeze
TBE pufer je naročito koristan za odvajanje manjeg fragmenta DNK (MW <1000), kao što su mali proizvodi restrikcionih enzimskih digestera.
TBE ima veći kapacitet pufra i daje oštrija rezolucija od TAE pufera . TAE pufer je rastvor koji se sastoji od baze Tris, sirćetne kiseline i EDTA (Tris-acetate-EDTA).
TBE je generalno skuplji od TAE i inhibira DNK ligazu, što može prouzrokovati probleme ako su namijenjeni sljedeći koraci za prečišćavanje DNK i ligacije. Sa tri jednostavna koraka koja sledi, naučite kako napraviti TBE pufer. Ne bi trebalo trajati više od 30 minuta da napravite ovaj bafer. Evo kako:
Pripremite zalihu EDTA
Predodručno treba pripremiti EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) rastvor. EDTA ne ide u potpunosti u rastvor dok pH ne bude podešen na oko 8,0. Za stock-rastvor od 500 mililitara 0,5 M EDTA, težak 93,05 grama EDTA dinatrijeve soli (FW = 372,2). Zatim ga rastvorite u 400 mililitara deionizirane vode i podesite pH sa NaOH. Posle toga, dopunite rastvor do finalne zapremine od 500 mililitara.
Pripremite stock rešenje za TBE
Napravite koncentrovani (5x) osnovni rastvor TBE težinom 54 g baze Tris (FW = 121,14) i 27,5 g borove kiseline (FW = 61,83) i rastvoriti u oko 900 mililitara deionizirane vode. Zatim dodajte 20 mililitara 0.5 M EDTA (pH 8.0) i prilagodite rastvor do finalne zapremine od 1 litra.
Ovo rješenje se može čuvati na sobnoj temperaturi, ali se u starijim rješenjima stvara talog. Čuvati pufer u staklenim flašama i odbaciti ako se talog stvori.
Pripremite radno rešenje TBE-a
Za elektroforezu agaroznog gela, TBE pufer može se koristiti u koncentraciji od 0,5x (razmnožavanje koncentracije 1:10). Razređivanje osnovnog rastvora 10x u deioniziranoj vodi. Konačne koncentracije rastvora su 45 mM Tris-borata i 1 mM EDTA. Bufer je sada spreman za upotrebu u pokretanju agaroznog gela .
Sta ti treba
Da bi napravili TBE pufer, biće vam samo četiri supstance. Preostale stavke na ovoj listi su oprema. Četiri potrebne supstance su EDTA dinatrijumova so, baza Tris, borna kiselina i deionizovana voda.
Što se tiče opreme, trebaju vam pH metri i standardi za kalibraciju. Pored toga, trebat će vam 600-milliliter i 1500-mililitarska čaša ili boca. Zaokruživanje vaših potreba za opremom su diplomirani cilindri i mešanje šipki i mešanja ploča.
Proverite inventar u laboratoriji koju ćete koristiti kako biste bili sigurni da imate sve što vam je potrebno pre nego što počnete. Ništa nije gore nego što treba da se zaustavite usred pripreme rešenja, jer ste izgubili odgovarajuće materijale.
Ako je vaša laboratorija u školi ili na radnom mestu, proverite sa odgovarajućim osobljem da vidite da li imaju sve stavke na akciji. Na taj način vam može uštedjeti vrijeme i energiju na kraju.