Postoji nekoliko različitih fleka koje se mogu koristiti za vizuelizaciju i fotografisanje DNK nakon što je materijal odvojen gel elektroforezom. Među mnogim izborima, ova pet vrsta su najčešći početak sa Ethidium bromidom, koji se najčešće koristi. Kada radite s ovim procesom, važno je ne samo da znate razlike između sindroma, već inherentne zdravstvene rizike.
01 Ethidium Bromide
Etidijum bromid je verovatno najpoznatija boja koja se koristi za vizualizaciju DNK. Ova boja može se koristiti u mešavini gela, u puferu za elektroforezu ili da se mrlja nakon gašenja. Molekule boje pridržavaju se DNK žljebova i fluoresciraju pod UV svjetlom, pokazujući vam tačno gde su trake unutar gela. Uprkos svojoj prednost, negativna je činjenica da je etidijum bromid potencijalni kancerogen, tako da se mora postupati s velikom pažnjom. Zbog potencijalnih zdravstvenih rizika za rad sa ovim gelom pronađene su alternative. 02 SYBR Gold
SYBR zlatna boja može se koristiti za mrljanje dvostruke ili jednoručne DNK, ili za bojenje RNK. SYBR Gold je bio jedna od prvih alternativa etidijum bromidu koji je pogodio tržište i smatra se osjetljivijim od etidium bromida. Ova boja pokazuje 1000 puta veću UV fluorescenciju kada je vezana za nukleinske kiseline. Zatim prodire u guste i visoke procente agaroznih gela i može se koristiti u formaldehidnim gelovima. Pošto je fluorescencija neograničenog molekula toliko niska, neopravdanje nije potrebno. Molekularne sonde imali su i licence (od lansiranja SYBR Gold) razvijale su i plasirale SYBR Safe i SYBR Green koje su sigurnije alternative etidijum bromidu.
03 SYBR Green
Parfemi SYBR Green I i II (opet, plasirani na molekularnim sondama) su optimizovani u različite svrhe. Zbog toga se vezuju za DNK, i dalje se smatraju potencijalnim mutagenim i zbog toga, njima treba postupati pažljivo. SYBR Green I je osetljiviji za upotrebu sa dvostrukom vezom, a SYBR Green II, s druge strane, najbolje je koristiti sa jednoručnim DNK ili RNK. Kao i popularna mrlja Ethidium Bromide, ove visoko osetljive mrlje fluoresciraju pod UV svetlošću. 04 SYBR siguran
SYBR Safe je dizajniran da bude sigurnija alternativa za Ethidium Bromide i druge mrlje SYBR. Ne smatra se opasnim otpadom i može se generalno odlagati kroz redovne kanalizacijske sisteme (tj. Niz odvod), jer testiranje toksičnosti ukazuje na to da nema akutne toksičnosti. Testiranje takođe ukazuje na to da nema malo genotoksičnosti na ćelijama Embriona hirurškog hrčka (SHE), ljudskim limfocitima, ćelijama limfoma miševa i AMES testu. Mrlje se može koristiti sa transiluminatorom plave svetlosti, što uzrokuje manje oštećenja DNK-a koja se vizualizuje i pruža bolju efikasnost za kasnije kloniranje. 05 Eva Green
Eva Green je zelena fluorescentna boja koja je utvrdila da inhibira PCR u manjoj meri od drugih boja. Ovo je veoma korisno za aplikacije kao što su kvantitativni PCR u realnom vremenu. Takođe je dobar izbor ako koristite gelove niske talase za oporavak DNK. Veoma je stabilan na visokim temperaturama i ima veoma nisku fluorescenciju, ali je visoko fluorescentan kada se vezuje za DNK. Eva Green je takođe pokazala da ima vrlo nisku ili bez citotoksičnosti ili mutagenosti.