Pet najčešćih vrsta enzima i njihova uloga u mlečnoj industriji opisani su u nastavku.
Rennet
Mleko sadrži proteine, posebno kazeine, koji održavaju svoj oblik tečnosti. Proteaze su enzimi koji se daju mleku tokom proizvodnje sira, kako bi hidrolizovali kazein, posebno kappa kazein, koji stabilizuje formiranje micela koji sprečava koagulaciju. Rennet i Renin su opšti uslovi za bilo koji enzim koji se koristi za koagulaciju mleka. Tehnički sisavac je takođe pojam za postavljanje četvrtog stomaka teleta.
Najčešći enzim izolovan iz sirovine je chimosin. Chymosin se takođe može dobiti od nekoliko drugih životinjskih, mikrobioloških ili biljnih izvora, ali autoaktivni mikrobiološki chymosin (od gljivica ili bakterija) je neefikasan za proizvodnju cheddara i drugih tvrdih sireva.
Ograničeni isporuci sira od tela su podstakli genetski inženjering mikrobnog himozina kloniranjem gena prochymosin glaja u bakterije.
Bioinženjerirani chymosin može biti uključen u proizvodnju do 70% proizvoda od sira. Iako upotreba bioenginiranih enzima štedi živote teladi, ona predstavlja etička pitanja za one koji se suprotstavljaju hranom pripremljenim sa GEM-om.
Druge proteaze
Mleko sadrži više različitih vrsta proteina, pored kazeina.
Kravlje mleko takođe sadrži proteine surutke kao što su laktalbumin i laktoglobulin. Denaturiranje ovih proteina surutke, koristeći proteaze, rezultira proizvodom kremijeg jogurta. Uništavanje proteina surutke je takođe neophodno za proizvodnju sira.
Tokom proizvodnje mekih sireva, sirotka se odvaja od mleka nakon sječe i može se, između ostalog, prodati kao dodatak hranjivim sastojcima za bodibiliranje, gubitak težine i smanjenje krvnog pritiska. Čak su i izveštaji o ishrani surutke za terapije raka, i imaju ulogu u indukciji proizvodnje insulina za one koji imaju dijabetes tipa 2. Proteaze se koriste za proizvodnju hidrolizovane surutke surutke, što je protein surutke razdvojen u kraće polipeptidne sekvence. Hidrolizovana sirotka je manje verovatno da će izazvati alergijske reakcije i koristi se za pripremu dodataka za formule za odojčad i medicinsku upotrebu.
Laktaza
Laktaza je enzim glikozid hidrolaze koji smanjuje laktozu u sastavne šećere, galaktozu i glukozu. Bez dovoljne proizvodnje enzima laktaze u tankom crevu, ljudi postaju netolerantni na laktozu, što dovodi do neugodnosti (grčeva, gasa i dijareje) u digestivnom traktu nakon ingestije mlečnih proizvoda. Laktaza se koristi komercijalno za pripremu proizvoda bez laktoze, posebno mleka, za takve pojedince.
Takođe se koristi u pripremi sladoleda, kako bi se napravio kremasti i slatkiji degustacijski proizvod. Laktazu se obično pripremaju od Kluyveromyces sp. kvasca i Aspergillus sp. gljivica.
Catalase
Enzim Catalase je pronašao ograničenu upotrebu u jednoj specifičnoj oblasti proizvodnje sira. Vodikov peroksid je snažan oksidator i otrovan za ćelije. Koristi se umesto pasterizacije , prilikom izrade određenih sireva kao što je švicarski, kako bi se očuvale prirodni mlečni enzimi koji su korisni za krajnji proizvod i razvoj aroma sira.
Ovi enzimi bi uništili visokom toplotom pasterizacije. Međutim, ostaci vodonik-peroksida u mleku inhibiraju bakterijske kulture koje su potrebne za stvarnu proizvodnju sira, tako da se moraju ukloniti svi tragovi. Katalazni enzimi se tipično dobijaju od goveda ili mikrobioloških izvora i dodaju se kako bi se vodonik peroksid pretvorio u vodu i molekularni kiseonik.
Lipaze
Lipaze se koriste za razbijanje mlečnih masti i daju karakteristične ukuse sirevima. Snažniji sirevi arome, na primer, italijanski sir, Romano, pripremaju se pomoću lipaza. Aroma dolazi od slobodnih masnih kiselina nastalih kada se mlečne masti hidrolizuju. Lipaze životinja se dobijaju od klinca, teleta i jagnjetine, dok se mikrobiološka lipaza dobija fermentacijom sa gljivičnim vrstama Mucor meihei .
Iako su mikrobiološke lipaze dostupne za proizvodnju sira, manje su specifične u onim masti koje se hidrolizuju, dok su enzimi životinja više delimične za masti kratkih i srednjih dužina. Hidroliza kraćih masti je poželjna jer rezultira poželjnim ukusom mnogih sireva. Hidroliza masnih kiselina dužeg lanca može dovesti do milosti ili bez ukusa.